sh.sePublikationer
Ändra sökning
Avgränsa sökresultatet
1516171819 851 - 900 av 901
RefereraExporteraLänk till träfflistan
Permanent länk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • harvard-anglia-ruskin-university
  • apa-old-doi-prefix.csl
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Träffar per sida
  • 5
  • 10
  • 20
  • 50
  • 100
  • 250
Sortering
  • Standard (Relevans)
  • Författare A-Ö
  • Författare Ö-A
  • Titel A-Ö
  • Titel Ö-A
  • Publikationstyp A-Ö
  • Publikationstyp Ö-A
  • Äldst först
  • Nyast först
  • Skapad (Äldst först)
  • Skapad (Nyast först)
  • Senast uppdaterad (Äldst först)
  • Senast uppdaterad (Nyast först)
  • Disputationsdatum (tidigaste först)
  • Disputationsdatum (senaste först)
  • Standard (Relevans)
  • Författare A-Ö
  • Författare Ö-A
  • Titel A-Ö
  • Titel Ö-A
  • Publikationstyp A-Ö
  • Publikationstyp Ö-A
  • Äldst först
  • Nyast först
  • Skapad (Äldst först)
  • Skapad (Nyast först)
  • Senast uppdaterad (Äldst först)
  • Senast uppdaterad (Nyast först)
  • Disputationsdatum (tidigaste först)
  • Disputationsdatum (senaste först)
Markera
Maxantalet träffar du kan exportera från sökgränssnittet är 250. Vid större uttag använd dig av utsökningar.
  • 851.
    Walfridsson, Julian
    et al.
    Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper. Karolinska Institute.
    Bjerling, Pernilla
    Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper. Karolinska Institute.
    Thalen, Maria
    Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper. Karolinska Institute.
    Yoo, Eung-Jae
    Seoul National University, Seoul, Korea.
    Park, Sang Dai
    Seoul national University, Seoul, Korea.
    Ekwall, Karl
    Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper. Karolinska Institute.
    The CHD remodeling factor Hrp1 stimulates CENP-A loading to centromeres2005Ingår i: Nucleic Acids Research, ISSN 0305-1048, E-ISSN 1362-4962, Vol. 33, nr 9, s. 2868-2879Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Centromeres of fission yeast are arranged with a central core DNA sequence flanked by repeated sequences. The centromere-associated histone H3 variant Cnp1 ( SpCENP-A) binds exclusively to central core DNA, while the heterochromatin proteins and cohesins bind the surrounding outer repeats. CHD (chromo-helicase/ ATPase DNA binding) chromatin remodeling factors were recently shown to affect chromatin assembly in vitro. Here, we report that the CHD protein Hrp1 plays a key role at fission yeast centromeres. The hrp1&UDelta; mutant disrupts silencing of the outer repeats and central core regions of the centromere and displays chromosome segregation defects characteristic for dysfunction of both regions. Importantly, Hrp1 is required to maintain high levels of Cnp1 and low levels of histone H3 and H4 acetylation at the central core region. Hrp1 interacts directly with the centromere in early S-phase when centromeres are replicated, suggesting that Hrp1 plays a direct role in chromatin assembly during DNA replication.

  • 852.
    Walfridsson, Julian
    et al.
    Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper. Karolinska Institutet.
    Khorosjutina, Olga
    Karolinska Institutet.
    Gustafsson, Claes M.
    Karolinska Institutet.
    Ekwall, Karl
    Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper. Karolinska Institutet.
    A genome wide role for CHD remodelling factors and Nap1 in nucleosome disassemblyManuskript (preprint) (Övrigt vetenskapligt)
  • 853.
    Walfridsson, Julian
    et al.
    Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper.
    Khorosjutina, Olga
    Matikainen, Paulina
    Gustafsson, Claes M.
    Ekwall, Karl
    Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper.
    A genome-wide role for CHD remodelling factors and Nap1 in nucleosome disassembly2007Ingår i: EMBO Journal, ISSN 0261-4189, E-ISSN 1460-2075, Vol. 26, nr 12, s. 2868-2879Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Chromatin remodelling factors and histone chaperones were previously shown to cooperatively affect nucleosome assembly and disassembly processes in vitro. Here, we show that Schizosaccharomyces pombe CHD remodellers, the Hrp1 and Hrp3 paralogs physically interact with the histone chaperone Nap1. Genome- wide analysis of Hrp1, Hrp3 and Nap1 occupancy, combined with nucleosome density measurements revealed that the CHD factors and Nap1 colocalized in particular to promoter regions where they remove nucleosomes near the transcriptional start site. Hrp1 and Hrp3 also regulate nucleosome density in coding regions, where they have redundant roles to stimulate transcription. Previously, DNA replication-dependent and -independent nucleosome disassembly processes have been described. We found that nucleosome density increased in the hrp1 mutant in the absence of DNA replication. Finally, regions where nucleosome density increased in hrp1, hrp3 and nap1 mutants also showed nucleosome density and histone modification changes in HDAC and HAT mutants. Thus, this study revealed an important in vivo role for CHD remodellers and Nap1 in nucleosome disassembly at promoters and coding regions, which are linked to changes in histone acetylation.

  • 854. Wallin, Lotta
    et al.
    Svensson, Brita M.
    Lönn, Mikael
    Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper, Biologi. Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper, Miljövetenskap.
    Artificial dispersal as a restoration tool in meadows: Sowing or planting?2009Ingår i: Restoration Ecology, ISSN 1061-2971, E-ISSN 1526-100X, Vol. 17, nr 2, s. 270-279Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Habitat fragmentation and the abandonment of former agricultural practices have led to extremely low dispersal rates for plant species growing in traditionally managed hay meadows in Sweden. Historically, seed dispersal between populations was maintained by hay movement, grazing animals, and farmers sharing their equipment. Because these means of dispersal typically are no longer occurring, artificial dispersal using seeds and plug-plants is tested here as a restoration tool. In this study, we chose two perennial herbs commonly occurring in meadows as test species, viz, Hypochoeris maculata L. (Asteraceae) and Succisa pratensis Moench. (Dipsacaceae). We found that plug-plant transplants were twice as effective as seed sowing for both species. The seed collection site was found to be important for seed-based establishment and survival; consequently, the choice of donor meadow is important when acquiring seeds used for restoration. We also found that survival of plants introduced as seeds was generally lower at sites harboring species favored by nitrogen as well as at sites in later successional phases. Both methods of introducing meadow species worked well, even though long-term establishment may well be more successful with the plug-plant method due to higher plug-plant establishment 2 years after introduction in the field.

  • 855.
    Walter, Martina
    Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper.
    Ekosystemansatsen på landskapsnivå2008Självständigt arbete på avancerad nivå (magisterexamen), 20 poäng / 30 hpStudentuppsats
    Abstract [sv]

    För att implementera målsättningarna i FN:s Konvention om Biologisk Mångfald har en ekosystemansats (EA) antagits och en viktig ekosystemtyp i Sverige där EA kan appliceras är kuster. Syftet med examensarbetet är att, med ekosystemansatsen som analysverktyg, studera hur och varför två planer för att bevara biologisk mångfald på landskapsnivå i två regionala kustområden i Uppsala län respektive Västra Götalands län skiljer sig åt. Planen består i Uppsala län av ett tilltänkt naturreservat och i Västra Götalands län av en Regional landskapsstrategi. Uppsatsens teoretiska förankring sker i ekosystemansatsen, med fokus på dess fem vägledande punkter och metodvalet är en jämförande design. Inom ramen för den jämförande designen har sedan en innehållsanalys samt kompletterande semistrukturerade intervjuer utförts.

    Resultatet visar att den Regionala landskapsstrategin i dagsläget är mer i linje med ekosystemansatsen, eftersom den uppfyller tre av fem vägledande punkter medan processen med Gårdsskärskusten enbart uppfyller två av fem vägledande punkter. I landskapsstrategin är sociala aspekter centrala och det är en förklaring till varför de olika planerna skiljer sig åt. Intressant är dock att betoningen på aktörsinvolvering verkar leda till att vissa ekologiska grundprinciper som konnektivitet i landskapet tonas ned, vilka är framträdande i processen med Gårdskärskusten. Regionala landskapsstrategier kan enligt min mening innebära ett stort steg mot att hindra förlusten av biologisk mångfald i Sverige om de uppförs i varje län. Inom landskapsstrategierna är det vidare essentiellt att skyddade områden, som exempelvis Gårdsskärskusten, också inkorporerar ett landskapsstrategitänk och i många fall innebär det att skötselåtgärder fortsätter att utföras. Svårigheten kan dock vara hur finansieringen av skötseln skall ske men där finns alternativa inkomstmöjligheter, från exempelvis naturturism och stresshantering på företag, som behöver utvecklas ytterligare.

  • 856.
    Walter, Martina
    Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper.
    Ekosystemansatsen: på nationell och regional nivå2006Självständigt arbete på grundnivå (kandidatexamen), 10 poäng / 15 hpStudentuppsats
    Abstract [sv]

    Att bevarandet av biologisk mångfald är en grundpelare för att nå en hållbar utveckling enades världens länder om i Konventionen om biologisk mångfald (CBD) som upprättades under toppmötet i Rio de Janeiro 1992. I konventionen förespråkas den s.k. ekosystemansatsen (EA), vilket är en strategi som innebär en helhetssyn på ekosystem. Syftet med denna uppsats är att undersöka i vilken grad EA tillämpas på nationell och regional nivå. Frågan är också om EA är en bra utgångspunkt för att upprätthålla biologisk mångfald på landskapsnivå samt vad som kan öka tillämpningen av EA på regional nivå. På nationell nivå analyserades två delar i miljömålspropositionen och på regional nivå analyserades de landskapsstrategier som sju län har fått i uppdrag av regeringen att upprätta i ett pilotprojekt. Min teoretiska utgångspunkt har varit ekosystemansatsen och dess principer och vägledande punkter. Metoden bestod av främst en kvantitativ innehållsanalys med kvalitativa inslag och som komplement utfördes fyra intervjuer.

    Resultatet visade att de delar av miljömålspropositionen som analyserades i hög grad följde ekosystemansatsen. En brist i propositionen var dock att det saknades riktlinjer om att det behövdes involvering av olika aktörer när den ursprungliga definitionen av landskapsavsnittet i strategierna skulle bestämmas. Att denna aspekt var implicit ledde troligtvis till det faktum att den även var implicit i landskapsstrategierna. Tillämpningen av EA i landskapsstrategierna skedde, trots att länsstyrelserna endast tillämpade den indirekt, i ganska hög grad och särskilt togs hänsyn till sociala aspekter som involvering av olika aktörer i själva processen och kontakt med vetenskapliga discipliner. Det som däremot var bristfälligt gällde tillämpningen av komplexa aspekter, vilka inte klart hade uttryckts i riktlinjerna till länsstyrelserna från regeringen. Dessa faktorer var beaktande av förvaltning av ekosystem inom ramen för dess funktion, processer i ekosystem samt adaptiv förvaltning. Alla intervjupersoner var överens om att EA är övergripande och ganska luddig, men det måste den vara för att gälla globalt. Av vikt är att konkretisera den på nationell och regional nivå. Ett förslag är att Naturvårdsverket i detta projekt ger tydliga riktlinjer angående tillämpningen av EA i landskapsstrategierna och att det är en tvåvägskommunikation mellan Naturvårdsverket och länsstyrelserna så att det blir en iterativ process. Genom en konkretisering kan tillämpningen av EA öka och därmed ett steg tas mot en hållbar utveckling.

  • 857.
    Werlin, Ola
    Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper.
    When it happens: Credible effects of a nuclear disaster in Sweden2009Självständigt arbete på grundnivå (kandidatexamen), 10 poäng / 15 hpStudentuppsats (Examensarbete)
    Abstract [en]

    Talking about nuclear disaster most people would probably come to think about the accident in Chernobyl 1986.

    Experts at the WHO has described the accident as follows “The magnitude and scope of the disaster, the size of the affected population, and the long-term consequences make it, by far the worst industrial disaster on record.”[1]

    It is impossible to tell where or even if a disaster like this will ever happen again, but still if it does happen, most people would probably agree that you like to be as prepared as possible. With this in mind this study has tried to look at credible effects of a nuclear disaster in Sweden.

    To get a grip of the consequences caused by a nuclear disaster this study has been performed as a comparative study, where research results from the Chernobyl accident presented by IAEA and WHO has been compared with actual circumstances in Sweden.

    When starting out the author of this thesis had a picture of a nuclear accident as the ultimate disaster that will bring death and destroy enormous areas of land and water for many years to come.

    However as this study proceeded many of the effects of a nuclear accident might not be as horrifying as they might seem.

    Saying this, it does not in any way mean that a nuclear accident would not have an enormous impact on those affected by it.

    As this study will show much of the impact of a nuclear disaster might be avoided by the right type of action at the right time. This calls for authorities being well aware and prepared for the risks connected with such a disaster. As this study will show this might not always be the case of Swedish authorities.

    [1] Burton et al. 2006 p 102

  • 858.
    Werme, Karin
    et al.
    Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper. Stockholm University.
    Wigerius, Michael
    Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper. Stockholm University.
    Johansson, Magnus
    Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper.
    Tick-borne encephalitis virus NS5 associates with membrane protein scribble and impairs interferon-stimulated JAK-STAT signalling.2008Ingår i: Cellular Microbiology, ISSN 1462-5814, E-ISSN 1462-5822, Vol. 10, nr 3, s. 696-712Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Tick-borne encephalitis virus (TBEV) NS5 protein is a multifunctional RNA-dependent RNA polymerase that is indispensable for viral replication. TBEV is considered to be highly neurovirulent and can cause lethal encephalitis. In this study, we demonstrate a novel interaction between TBEV NS5 and the PDZ protein scribble (hScrib) affecting interferon (IFN) type I and II mediated JAK-STAT signalling. The sequence of TBEV NS5 interacting with hScrib was identified using extensive site-directed mutagenesis analysis. Two consecutive mutations in the methyltransferase (MTase) domain of NS5 were found to disrupt binding to hScrib. Colocalization studies with hScrib demonstrated that TBEV NS5 was present at the plasma membrane of mammalian cells. To address the role of viral interference with the IFN response, NS5 proteins were expressed in IFN-stimulated cells. While TBEV NS5 substantially blocked phosphorylation of STAT1, a mutated NS5 protein defective in hScrib binding failed to inhibit JAK-STAT signalling correctly. Furthermore, hScrib knock-down resulted in re-localization of NS5 to intracellular locations and abrogated the impaired STAT1 phosphorylation. These results define the TBEV NS5 protein in concert with hScrib as an antagonist of the IFN response, by demonstrating a correlation between the association and JAK-STAT interference.

  • 859.
    Wertholz, Nina J C
    Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper.
    Förvaltningsplanen för Barents hav och havsområdena utanför Lofoten: Värden och utmaningar utifrån personer inom förvaltningen2009Självständigt arbete på grundnivå (kandidatexamen), 10 poäng / 15 hpStudentuppsats (Examensarbete)
    Abstract [sv]

    Ekosystembaserad förvaltning bygger på en helhetlig syn på ekosystemen och dess förhållande till mänsklig aktivitet. Förvaltningsplanen för Barents hav utanför Norge är ett de längst framskridna försöken till implementering av denna förvaltningsmodell. Lång väg återstår dock för att uppnå de målsättningar som satts och särskilt gäller detta miljömålet för biologisk mångfald. Trots att fiskeri utpekats som den största påverkningsfaktorn på biologisk mångfald har det varit lite fokus på fiskeriernas negativa konsekvenser i arbetet med förvaltningsplanen. Den här uppsatsen försöker ge en bild av hur personer som jobbar inom förvaltningen ser på värdet med förvaltningsplanen, hur de uppfattar dess brister, och just varför de tror att fiskeriet negativa konsekvenser fått liten uppmärksamhet.

    Helhetlighet och tvärsektoriellt samarbete kunde konkluderas som de främsta värdena med förvaltningsplanen. Organisationsproblem, konservatism och maktkamper ansågs dock skapa problem för implementering och samarbete över sektorerna, bland annat genom genom dålig kommunikation mellan utredningsgrupper och den implementerande organisationen. Konservatism och maktkamp uttrycktes i form av en ovillighet från andra att samarbeta över sektorerna, att bryta det sektoriella tankesättet, och en vilja att värna om sin maktsfär.  Strukturella problem lyftes även fram som en av de bakomliggande anledninganar till att fiskeriernas negativa effekter inte fått mer fokus. Starkt kulturellt fäste, fokus på petroleumsverksamhet och dålig kunskapsförmedling var andra faktorer som togs upp. 

  • 860.
    Westfahl Backlund, Martina
    Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper.
    Forest protection and management in Babati District: The effects of scales in local and social perspectives2006Självständigt arbete på grundnivå (kandidatexamen), 10 poäng / 15 hpStudentuppsats
    Abstract [en]

    This Bachelor Thesis investigates the inherent conflict of preservation and livelihood, and what can be done to avoid this problem. The purpose of the study is to investigate if there is an enhanced risk of overexploitation in areas in proximity to forest reserves. This assumption is based on the fact that people living in close contact with nature are directly dependent on ecosystem-services for maintaining their livelihood. Hence, preservation of an area could result in degradation, if unprotected areas will have to sustain more people with, for example, firewood and pastoral land. Based on a field study in Babati District, Northern Tanzania, I have seen signs that imply that preservation of Ufiome, the forest covering Mt Kwaraa, has had effects on areas in proximity to the gazetted forest. The method used to conduct this study was semi-structured interviews with local farmers living in closeness to Ufiome NR, but also with district officials. Finally, I think that the solution to many of the problems that come with preservation are possible to handle by the use of Participatory Forest Management (PFM); Joint Forest Management (JFM) and Community Based Forest Management (CBFM). The key to coming to terms with conservational problems lies on scale-related solutions that focuses on implementing management of natural resources on a local level, claiming that fine-scale ecological issues are best dealt with on fine-scale social levels.

  • 861.
    Westfahl Backlund, Martina
    Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper.
    Implementation of the European network: Natura 2000: Determined according to overarching EU directives or through compromising ecological aspects?2008Självständigt arbete på avancerad nivå (magisterexamen), 20 poäng / 30 hpStudentuppsats
    Abstract [sv]

    Biodiversiteten världen över minskar i en tidigare aldrig skådad hastighet vilket resulterar i ett hot mot fundamentala ekosystem, samt dess produktion av de ekosystemtjänster som det mänskliga samhället är beroende av. På grund av detta har EU satt upp målet att stoppa förlusten av biodiversitet inom unionens gränser tills 2010. Detta mål skall uppnås genom implementeringen av Habitat- och Fågeldirektivet. Dessa direktiv utgör ramen för etableringen av ett sammanhängande ekologiskt nätverk, det så kallade Natura 2000 nätverket.

    Denna studie utreder samt analyserar de socio-ekologiska aspekter som omger utpekandet av Natura 2000 områden i Östhammars kommun, i Uppsala län i Sverige. Genom appliceringen av en fallstudie av området söker denna uppsats att identifiera samt förklara inneboende svårigheter i processen av dessa utpekanden, samt att sätta dem i ett globalt sammanhang. Inom Europa existerar biodiversitet bland annat i olika typer av ängar, dock har endast ett fåtal studier tagit sig an uppgiften att formulera anpassade förvaltningsstrategier för dessa habitat. Denna studie bidrar till att sprida ljus över implementeringen av Natura 2000, ett fenomen som tidigare endast studerats i blygsam utsträckning, speciellt i Sverige. Den teoretiska grunden utgörs ekosystemansatsen, som appliceras för att utvärdera ett uthålligtförvaltande av ekosystem. Vidare understryks vikten av att betrakta ekosystem och mänsklig aktivitet som ett och samma system, och att synen på dem som skilda system bör anses artificiell och motsägelsefull.

    Denna uppsats förklarar hur socio-ekologiska aspekter har påverkat utpekandeprocessen av Natura 2000-områden i Östhammars kommun. De avgörande faktorerna bakom detta är en identifierad tidsbrist, vilket har influerat utpekandet av områden av gemenskapsintresse samt interaktionen mellan Länsstyrelsen i Uppsala och lokala markägare. Bristen på samverkan och information har resulterat i en förhöjd risk av att målet med nätverket inte kommer att nås: att åstadkomma gynnsam bevarandestatus för arter och habitat.

  • 862.
    Westman, Philip
    Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper.
    The State of St Petersburg’s Municipalities: Conditions for Local Governance in Russia2004Självständigt arbete på avancerad nivå (magisterexamen)Studentuppsats
    Abstract [en]

    The study’s focus is put on the lowest level of Russian local politics, empirically represented by two municipalities in St Petersburg. It aims at identifying factors that influence the work of municipal councils. Municipal organs are since their establishment in 1998 officially self-governing and responsible for a wide array of activities within their territories. They are perceived as administrative domains in this paper, parts of a hierarchic domain-structure. The municipal domains are both fiscally and politically restricted by upper political levels – mainly the regional authorities – that heavily reduce the capabilities of the municipal councils’ activities. Besides being dependent on resources from the regional and federal level, the municipal councils’ budgets are reliant on taxing of commercial retailing within its boundaries. Joint with the basic social and demographic circumstances of a municipality, this factor is likely to shape the extent of the council’s activity. The field study conducted specifies that while a geographically central municipality is engaged in infrastructure-maintenance and cultural activities, a peripheral ditto is mainly concerned with social help. Deputies in both districts perceive the current prospects of local government as being limited by outer influence, most of the people involved in the councils are unpaid and the resources needed to communicate with the inhabitants do not exist. The general and actual weakness of local governments is mirrored in the public attitudes, influenced by state-controlled media and revealed in participatory election turnouts. The election in December 2004 produced turnouts exceeding the legitimate limit of 20 % in almost all municipalities. However, the figures are to some extent the results of administrative pressure and liberals claim that plain frauds determined many outcomes. Tendencies point towards a politicization of municipal organs, whereas presently many perceive them as simply administrative. The municipal domain is characterized merely by responsibility instead of actual authority, ownership and substantial spatial impact. It is reliant on higher-level domains while competing for resources with neighboring domains.

  • 863.
    Wigerius, Michael
    Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper, Kemi. Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper, Molekylärbiologi.
    Roles of mammalian Scribble in polarity signaling, virus offense and cell-fate determination2010Doktorsavhandling, sammanläggning (Övrigt vetenskapligt)
    Abstract [en]

    Mammalian Scribble is a target for proteins encoded by human papilloma virus, retro- and flaviviruses. Tick-borne encephalitis virus (TBEV) is a flavivirus that have evolved distinct strategies to escape antiviral responses. Information of how flaviviruses intrude on cell integrity comes from understanding of the roles that host-factors play when they interfere with viruses. The first part of this thesis describes a novel interaction between the TBEVNS5 protein and Scribble. The importance of the interaction was demonstrated by RNAi-mediated depletion of Scribble, which prevented suppression of JAK-STAT signaling by NS5. Together, these results define Scribble as a novel target for NS5.

    TBEV is known to cause central nervous system disease TBE in humans that can lead to cognitive dysfunction. A unifying theme in CNS related diseases are defects in neuronal extensions. We therefore addressed the effects of TBEV expression in PC12 cell differentiation, which is characterized by extensive neurite growth. Our data show that TBEVNS5 suppresses neurite outgrowth through the Rho GTPase Rac1. These findings provide evidence that Rac1 is an indirect target of NS5 in neurite inhibition. Scribble was recently implicated in spine morphogenesis. Thus, we tested the role of Scribble in neurite elongation. Depletion of Scribble in PC12 cells, reduced neurite density but increased length of those remaining. Moreover, Scribble bound components in the Ras/ERK cascade in a growth factor dependent manner. Together, these results demonstrate that Scribble controls neurite elongation by scaffolding MAPK components. Moreover, as loss of dendritic spines, actin-rich protrusions on neurons, is a feature in cognitive dysfunction we speculate that cognitive dysfunction in TBE might involve disturbed Scribble expression by NS5.

    We also investigated the binding between NS1 of Influenza A virus and Scribble. The PDZ domains of Scribble are usually selective for specific C-terminal motifs in proteins. Because NS1 has a canonical PDZ motif we tested if binding to Scribble depends on this motif. We found that Scribble binds NS1; the association is dependent on the NS1 C-terminus that is recognized by PDZ3-4 of Scribble. Together, these results suggest that Scribble is a target for the H5N1 NS1 protein 

  • 864.
    Wigerius, Michael
    et al.
    Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper, Molekylärbiologi. Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper, Kemi.
    Johansson, Magnus
    Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper, Internationell hälsa. Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper, Kemi.
    SCRIBBLE SCAFFOLDS KEY COMPONENTS IN NEURITE OUTGROWTHIMPLICATING DIRECT INVOLVEMENT IN CYTOSKELETON REGULATIONManuskript (preprint) (Övrigt vetenskapligt)
  • 865.
    Wigerius, Michael
    et al.
    Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper, Kemi. Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper, Molekylärbiologi.
    Melik, Wessam
    Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper, Kemi. Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper, Molekylärbiologi.
    Elväng, Annelie
    Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper, Molekylärbiologi.
    Johansson, Magnus
    Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper, Kemi. Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper, Internationell hälsa.
    Rac1 and Scribble are targets for the arrest of neurite outgrowth by TBE virus NS52010Ingår i: Molecular and Cellular Neuroscience, ISSN 1044-7431, E-ISSN 1095-9327, Vol. 44, nr 3, s. 260-271Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Tick-borne encephalitis virus (TBEV) causes extensive CNS disease in humans known as TBE, however, relatively little is known of the molecular mechanisms for its progress. Here, we now show that TBEV produces defects in neuronal development of PC12 cells through a function of the viral NS5 protein. The methyltransferase domain of NS5 is critical and sufficient for restriction of nerve growth factor induced neurite outgrowth. This effect is reversed by expression of NS5 mutants unable to bind Scribble and unexpectedly, in Scribble depleted cells with binding-competent NS5. Furthermore, we also demonstrate that the Rho GTPase Rac1 and the guanine nucleotide-exchange factor, beta PIX are outcompeted by NS5 for binding to Scribble, linking to effects on neurite outgrowth by TBEV. Together, these findings provide the first experimental evidence that Rac1 and beta PIX are indirect targets of NS5 acting through the multifunctional polarity protein Scribble to oppose neuronal differentiation. In conclusion, our results offer a potential mechanism by which TBEV alters neuronal circuitry and opens new avenues for therapeutic interventions.

  • 866.
    Wijk, Jonna
    Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper.
    National – Local – Ethnic or Religious Identity?2010Självständigt arbete på grundnivå (kandidatexamen), 10 poäng / 15 hpStudentuppsats (Examensarbete)
    Abstract [en]

    Tanzania is amongst other things known for its ethnic diversity. In 1987 it was established that Tanzania had 130 different African ethnic groups. Despite the ethnic diversity Tanzania is successful in acceptance and famous for being a country in peace. Peoples identity creation is a constantly evolving process and is therefore difficult to define and categorize. Despite that this essay aims to get an understanding of Tanzanians cultural integration. How do people define themselves in terms of their own identity? What matter the most, is it religion, the local or national community? How important is the ethnic inheritance in the urban society? Is it one or more of these categorizations that people have a stronger connection to. How important is the language and the ability to communicate with each other to maintain a peaceful stability? These questions where asked to inhabitants of the town Babati which is situated in the northern parts of Tanzania. The interviews took place during a three week long field study February – March 2010.     

  • 867. Wik, Torsten E. I.
    et al.
    Linden, Bjorn T.
    Wramner, Per I.
    Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper, Coastal Management Research Center (COMREC).
    Integrated dynamic aquaculture and wastewater treatment modelling for recirculating aquaculture systems2009Ingår i: Aquaculture, ISSN 0044-8486, E-ISSN 1873-5622, Vol. 287, nr 3-4, s. 361-370Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Recirculating aquaculture systems (RAS) in land based fish tanks, where the fish tank effluent is biologically treated and then recirculated back to the fish tanks, offers a possibility for large scale ecologically sustainable fish production. In order to fully exploit the advantages of RAS, however, the water exchange should be as small as possible. This implies strong demands on the water treatment, e.g. the maintenance of an efficient nitrification, denitrification and organic removal. Because of the RAS complexity, though, dynamic simulations are required to analyze and optimize a plant with respect to effluent water quality. production and robustness. Here, We present a framework for integrated dynamic aquaculture and wastewater treatment modelling, where fish growth and evacuation rate models can be linked to state of the art dynamic wastewater treatment models through massbalance based waste characterization. It provides means to analyze, predict and explain RAS performance. Using this framework we demonstrate how a new and improved RAS configurations is identified.

  • 868.
    Wiklund, Per
    et al.
    Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper.
    Bergman, Jan
    Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper.
    The chemistry of anthranilic acid2006Ingår i: CURRENT ORGANIC SYNTHESIS, ISSN 1570-1794, Vol. 3, nr 3, s. 379-402Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Anthranilic acid (2-aminobenzoic acid, AA) is a versatile and low cost starting material for synthesis of benzofused heterocycles. It also plays a vital part in the biosynthesis of tryptophan and its derivatives, as well as in several types of alkaloids. Therefore the chemistry of anthranilic acid is of importance in medicinal and biological chemistry. The main emphasis of this review article is on the use of anthranilic acid as a starting material for synthesis of heterocycles, but it also covers the history, synthesis and reactivity, as well as a short account of the medicinal chemistry and biochemistry of anthranilic acids.

  • 869.
    Windarp, Helén
    Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper.
    Packning i tid och rum: Korologisk förändring och strategier att hantera trängsel i handelsträdgården, bostadsområdet och på begravningsplatsen2006Självständigt arbete på avancerad nivå (magisterexamen), 10 poäng / 15 hpStudentuppsats
    Abstract [sv]

    Studien Packning i tid och rum är ett examensarbete i ämnet geografi, inriktning kulturgeografi, vid Södertörns högskola.

    Syftet är att utforska sambandet mellan tid och rum och då som geografiska förändringar över tiden. Det sker genom att studera markanvändning som fenomen och pågående processer i avgränsade områden. Speciellt intresse ägnas åt hur ytor disponeras. Tre olika slags områden studeras: en handelsträdgård, begravningsplatser och ett bostadsområde.

    Tyngdpunkten i undersökningen ligger på studiet av begravningsplatser. Geografiska data och annan information har hämtats från geografiska informationssystem, statistik, intervjuer, egna observationer och fotografier. Materialet har bearbetats med enkel statistisk metod, kartstudier och kvalitativa metoder. Som teoretisk ram används tidsgeografi och den nya regionalgeografin. Det finns en ambition att söka efter generell förståelse. Arbetet är starkt inspirerat av geografen Torsten Hägerstrands arbete och synsätt. I arbetet finns även inslag av systemteoretiskt tänkande.

    Resultaten visar att det sker en tätare packning av geografiska objekt i tid och rum på kyrkogårdarna. Korologiska förändringar kan tyda på liknande processer i handelsträdgården och bostadsområdet. Utrymmet är en begränsad resurs och packning är ett problem att lösa. Olika strategier för att hantera trängseln observeras. Avslutningsvis diskuteras förhållandet att ju tätare packning desto mer av registerhållning, mätning och restriktioner fordras och att vissa saker tillåts breda ut sig i rummet om de är tillfälliga.

  • 870.
    Windelhed, Bengt
    Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper.
    Resursutnyttjande under tidigmodern tid: Introduktion till geografiska skärgårdsstudier2006Ingår i: Människan anpassaren - människan överskridaren: rapport från projektet: Förmoderna kustmiljöer. Naturresurser, klimat och samhälle vid östersjökusten före 1800 - ett miljöhistoriskt projekt, Huddinge: Södertörns högskola , 2006, s. 175-195Kapitel i bok, del av antologi (Övrigt vetenskapligt)
  • 871. Winkelbauer, M E
    et al.
    Schafer, J C
    Haycraft, C J
    Swoboda, Peter
    Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper.
    Yoder, B K
    The C-elegans homologs of nephrocystin-1 and nephrocystin-4 are cilia transition zone proteins involved in chemosensory perception2005Ingår i: Journal of Cell Science, ISSN 0021-9533, E-ISSN 1477-9137, Vol. 118, nr 23, s. 5575-5587Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Nephronophthisis (NPH) is a cystic kidney disorder that causes end-stage renal failure in children. Five nephrocystin (nephrocystin-1 to nephrocystin-5) genes, whose function is disrupted in NPH patients, have been identified and data indicate they form a complex at cell junctions and focal adhesions. More recently, the nephrocystin proteins have also been identified in cilia, as have multiple other cystic kidney disease related proteins. Significant insights into this cilia and cystic kidney disease connection have come from analyses in simpler eukaryotic organisms such as Caenorhabditis elegans. In this regard, we became interested in the C elegans homologs of nephrocystin-1 (nph-1) and nephrocystin-4 (nph-4) from a database screen to identify genes coordinately regulated by the ciliogenic transcription factor DAF-19. Here we show that expression of nph-1 and nph-4 is DAF-19 dependent, that their expression is restricted to ciliated sensory neurons, and that both NPH-1 and NPH-4 concentrate at the transition zones at the base of the cilia, but are not found in the cilium axoneme. In addition, NPH-4 is required for the localization of NPH-1 to this domain. Interestingly, nph-1 or nph-4 mutants have no obvious cilia assembly defects; however, they do have abnormalities in cilia-mediated sensory functions as evidenced by abnormal chemotaxis and lifespan regulation. Our data suggest that rather than having a ciliogenic role, the NPH proteins play an important function as part of the sensory or signaling machinery of this organelle. These findings suggest that the defects in human NPH patients may not be the result of aberrant ciliogenesis but abnormal cilia-sensory functions.

  • 872.
    Wiren, Marianna
    et al.
    Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper. Karolinska Institutet.
    Silverstein, Rebecca A
    Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper. Karolinska Institutet.
    Sinha, Indranil
    Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper. Karolinska Institutet.
    Walfridsson, Julian
    Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper. Karolinska Institutet.
    Lee, Hang-mao
    Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper. Karolinska Institutet.
    Laurenson, P
    University of California, San Diego, USA.
    Pillus, L
    University of California, San Diego, USA.
    Robyr, D
    University of California, Los Angeles, USA.
    Grunstein, M
    University of California, Los Angeles, USA.
    Ekwall, Karl
    Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper. Karolinska Institutet.
    Genomewide analysis of nucleosome density histone acetylation and HDAC function in fission yeast2005Ingår i: EMBO Journal, ISSN 0261-4189, E-ISSN 1460-2075, Vol. 24, nr 16, s. 2906-2918Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    We have conducted a genomewide investigation into the enzymatic specificity, expression profiles, and binding locations of four histone deacetylases (HDACs), representing the three different phylogenetic classes in fission yeast ( Schizosaccharomyces pombe). By directly comparing nucleosome density, histone acetylation patterns and HDAC binding in both intergenic and coding regions with gene expression profiles, we found that Sir2 ( class III) and Hos2 ( class I) have a role in preventing histone loss; Clr6 ( class I) is the principal enzyme in promoter-localized repression. Hos2 has an unexpected role in promoting high expression of growth-related genes by deacetylating H4K16Ac in their open reading frames. Clr3 ( class II) acts cooperatively with Sir2 throughout the genome, including the silent regions: rDNA, centromeres, mat2/3 and telomeres. The most significant acetylation sites are H3K14Ac for Clr3 and H3K9Ac for Sir2 at their genomic targets. Clr3 also affects subtelomeric regions which contain clustered stress- and meiosis-induced genes. Thus, this combined genomic approach has uncovered different roles for fission yeast HDACs at the silent regions in repression and activation of gene expression.

  • 873.
    Wirén, Marianna
    Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper. Karolinska Intstitute.
    Genome-wide study of HDACs and transcription in Schizosaccharomyces pombe2010Doktorsavhandling, sammanläggning (Övrigt vetenskapligt)
    Abstract [en]

    The eukaryotic genome has to be organized to fit into the cell and this is achieved by packing of DNA into chromatin. The basic repeating structural unit of chromatin is the nucleosome, which consists of DNA wrapped around histone proteins. Histones are subjected to multiple covalent posttranslational modifications including, acetylation, methylation, phosphorylation, and ubiquitination. These modifications take part in gene regulation by changing the structure of chromatin and by recruiting gene regulatory proteins. Histone acetylation can be removed by histone deacetylases (HDACs), which are highly conserved enzymes that regulate a diverse number of biological processes including gene expression and chromosome segregation, and have shown to be closely linked to major diseases like cancer. This thesis described the genome-wide role of HDACs and transcription in S. pombe. We studied the genome wide binding targets and enzymatic specificity of different S. pombe HDACs and uncovered different roles for the enzymes at silent regions and in repression and activation of gene expression. We proposed that independent of gene length, a typical fission yeast gene shows a 5 to 3 polarity, i.e., the histone acetylation levels peak near the ATG and gradually decrease in the coding regions. We also observed that different HDACs are responsible for different position within the ORF regions. Our genome-wide study of two different Mediator complexes reviled that they displayed similar binding patterns, and interactions with promoters and upstream activating sequences correlated with increased transcription activity. We also found that Mediator associates with the downstream coding region of many genes. We finally developed a method, E-map, which made it possible to systematically construct haploid double mutants. This method was used for constructing genome-wide genetic interaction maps of HDACs in S. pombe. From our preliminary results we discovered a new link between the Class III HDACs and a biosynthesis protein. Our data also suggest that different HDACs are involved in distinct biological processes.

  • 874.
    Wojtczuk, Ann-Sofi
    Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper.
    Regionutvecklingen av Haparanda – Torneå: och dess påverkan på turismen2009Självständigt arbete på grundnivå (kandidatexamen), 15 poäng / 22,5 hpStudentuppsats (Examensarbete)
  • 875.
    Wouters, Johanna
    et al.
    Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper, Miljövetenskap.
    Janson, Sven
    Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper, Miljövetenskap.
    Luskova, Vera
    Olsén, K. Håkan
    Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper, Miljövetenskap. Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper, Biologi.
    Molecular identification of hybrids of the invasive gibel carp Carassius auratus gibelio and crucian carp Carassius carassius in Swedish waters2012Ingår i: Journal of Fish Biology, ISSN 0022-1112, E-ISSN 1095-8649, Vol. 80, nr 7, s. 2595-2604Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Both mitochondrial DNA sequence and two nuclear microsatellite markers were used to confirm the identity of the first record of Carassius auratus gibelio in the western (Swedish) Baltic Sea region. A total of 49 fishes were analysed, where 22 were from three Swedish sites connected to the Baltic Sea. The D-loop mitochondrial DNA sequences showed that 16 of 22 Swedish fishes were related to C. a. gibelio. The phylogenetic analysis of these sequences showed that these fish are probably not native, but represent different lineages of C. a. gibelio from China, Japan and Russia. All except three of these 16 fishes had microsatellite alleles suggesting hybridization with Carassius carassius. These findings suggest that a cryptic invasion of C. a. gibelio might be in progress.

  • 876.
    Wouters, Johanna
    et al.
    Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper, Miljövetenskap.
    Janson, Sven
    Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper, Miljövetenskap.
    Olsén, K. Håkan
    Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper, Miljövetenskap. Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper, Biologi.
    Why didn’t we notice them earlier? The invasive fish Carassius gibelio(gibel carp) identified by genetic methods in Swedish waters.2011Ingår i: 7th International Conference on Marine Bioinvasions: Abstract Book, 2011, s. 162-Konferensbidrag (Övrigt vetenskapligt)
  • 877.
    Wramner, Per
    et al.
    Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper, Coastal Management Research Center (COMREC).
    Ackefors, Hans
    Cullberg, Mikael
    Conclusions and ways forward2003Ingår i: Fisheries, sustainability and development: fifty-two authors on coexistence and development of fisheries and aquaculture in developing and developed countries / [ed] Per Wramner, Hans Ackemar, Mikael Cullberg, Stockholm: Kungl. Skogs- och Lantbruksakademien , 2003, s. 463-476Kapitel i bok, del av antologi (Övrig (populärvetenskap, debatt, mm))
  • 878.
    Wramner, Per
    et al.
    Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper, Coastal Management Research Center (COMREC).
    Ackefors, HansCullberg, Mikael
    Fisheries, sustainability and development: fifty-two authors on coexistence and development of fisheries and aquaculture in developing and developed countries2009Samlingsverk (redaktörskap) (Övrig (populärvetenskap, debatt, mm))
  • 879.
    Wramner, Per
    et al.
    Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper, Coastal Management Research Center (COMREC). Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper, Miljövetenskap.
    Nygård, Odd
    Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper, Miljövetenskap. Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper, Biologi.
    Från naturskydd till bevarande av biologisk mångfald: Utvecklingen av naturvårdsarbetet i Sverige med särskild inriktning på områdesskyddet2010Rapport (Övrigt vetenskapligt)
    Abstract [sv]

    Boken beskriver och analyserar utvecklingen av naturvårdsarbetet i Sverige under dess första sekel. Tonvikten ligger på områdesskyddet och de naturvetenskapliga, naturvårdsideologiska och naturvårdspolitiska grunderna för detta. Tyngdpunkten ligger på den senare delen av naturskyddets utveckling i Sverige, en period som hittills endast tilldragit sig begränsat forskningsintresse.

    I en kommande bok kommer skeendena i samband med införandet av EU:s naturvårdsdirektiv i Sverige att behandlas mer ingående.

  • 880.
    Wramner, Per
    et al.
    Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper, Coastal Management Research Center (COMREC). Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper, Miljövetenskap.
    Nygård, Odd
    Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper, Miljövetenskap. Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper, Biologi.
    Godset Almnäs i Norra Fågelås socken: natur- och naturvårdsförhållanden2012Rapport (Övrigt vetenskapligt)
  • 881. Wrzaczek, Michael
    et al.
    Brosche, Mikael
    Salojarvi, Jarkko
    Kangasjarvi, Saijaliisa
    Idanheimo, Niina
    Mersmann, Sophia
    Robatzek, Silke
    Karpinski, Stanislaw
    Karpinska, Barbara
    Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper, Biologi. Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper, Molekylärbiologi.
    Kangasjarvi, Jaakko
    Transcriptional regulation of the CRK/DUF26 group of Receptor-like rotein kinases by ozone and plant hormones in Arabidopsis2010Ingår i: BMC Plant Biology, ISSN 1471-2229, E-ISSN 1471-2229, Vol. 10, s. 95-Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Background: Plant Receptor-like/Pelle kinases (RLK) are a group of onserved signalling components that regulate developmental programs and esponses to biotic and abiotic stresses. One of the largest RLK groups s formed by the Domain of Unknown Function 26 (DUF26) RLKs, also called ysteine-rich Receptor-like Kinases (CRKs), which have been suggested to lay important roles in the regulation of pathogen defence and rogrammed cell death. Despite the vast number of RLKs present in lants, however, only a few of them have been functionally haracterized. esults: We examined the transcriptional regulation of all Arabidopsis RKs by ozone (O(3)), high light and pathogen/ elicitor reatment-conditions known to induce the production of reactive oxygen pecies (ROS) in various subcellular compartments. Several CRKs were ranscriptionally induced by exposure to O(3) but not by light stress. (3) induces an extracellular oxidative burst, whilst light stress leads o ROS production in chloroplasts. Analysis of publicly available icroarray data revealed that the transcriptional responses of the CRKs o O(3) were very similar to responses to microbes or athogen-associated molecular patterns (PAMPs). Several mutants altered n hormone biosynthesis or signalling showed changes in basal and (3)-induced transcriptional responses. onclusions: Combining expression analysis from multiple treatments with utants altered in hormone biosynthesis or signalling suggest a model in hich O(3) and salicylic acid (SA) activate separate signaling pathways hat exhibit negative crosstalk. Although O(3) is classified as an biotic stress to plants, transcriptional profiling of CRKs showed trong similarities between the O(3) and biotic stress responses.

  • 882.
    Xue-Franzen, Yongtao
    Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper, Molekylärbiologi. Karolinska Intitutet.
    DNA microarray approaches to understanding the regulation and evolution of gene expression networks2009Doktorsavhandling, sammanläggning (Övrigt vetenskapligt)
    Abstract [en]

    DNA microarray technology allows biological and medical research to shift from investigation of individual functions of a few related genes to the whole genome level. This creates opportunities for discovery of complex and coordinated transcriptional networks in biological systems. The aim of this thesis has been to study gene regulation and evolution using yeast responses to environmental cues as a model system. We first developed and validated a fission yeast cDNA microarray for genome-wide expression analysis (Paper I). It is the first commercially available fission yeast microarray, which presents a useful resouce for yeast researchers and provides information required to contruct the array from scratch. Next, we characterised the gene regulatory networks involved in the pheromone response (Paper II) and investigate the role of Gcn5 transcription co-regulator, a histone acetyltransferase (HAT), in re-programming gene expression during the salt stress response in fission yeast (Paper III). We further investigated evolutionary conservation and divergence of Gcn5 in gene regulation by comparing its role in the evolutionarily distantly related yeast species. The parallel study of the fission yeast and budding yeast showed that Gcn5 has a conserved physiological role in salt stress responses, but it regulates diverged sets of stress response genes potentially via distinct mechanisms (paper IV). Finally, we investigated interactions between different HATs and between HATs and HDACs (histone deacetylases). Phenotypic studies and gene expression profiling revealed that Gcn5 has overlapping functions with another HAT, Mst2, in the stress response and DNA damage repair (Paper V). We found that the HDAC Clr3 acts antagonistically to Gcn5 in transcriptional elongation and stress responses (Paper VI).

  • 883.
    Xue-Franzen, Yongtao
    et al.
    Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper, Molekylärbiologi. Karolinska Institutet.
    Johnsson, Anna
    Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper, Molekylärbiologi. Karolinska Intitutet.
    Brodin, David
    Karolinska Institutet.
    Henriksson, Johan
    Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper, Molekylärbiologi. Karolinska Institutet.
    Bürglin, Thomas R.
    Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper, Molekylärbiologi. Karolinska Institutet.
    Wright, Anthony P. H.
    Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper, Molekylärbiologi. Karolinska Institutet.
    Genome-wide characterisation of the Gcn5 histone acetyltransferase in budding yeast during stress adaptation reveals evolutionarily conserved and diverged roles2010Ingår i: BMC Genomics, ISSN 1471-2164, E-ISSN 1471-2164, Vol. 11, artikel-id 200Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Background: Gcn5 is a transcriptional coactivator with histone cetyltransferase activity that is conserved with regard to structure as ell as its histone substrates throughout the eukaryotes. Gene egulatory networks within cells are thought to be evolutionarily iverged. The use of evolutionarily divergent yeast species, such as S. erevisiae and S. pombe, which can be studied under similar nvironmental conditions, provides an opportunity to examine the nterface between conserved regulatory components and their cellular pplications in different organisms. esults: We show that Gcn5 is important for a common set of stress esponses in evolutionarily diverged yeast species and that the activity f the conserved histone acetyltransferase domain is required. We define group of KCl stress response genes in S. cerevisiae that are pecifically dependent on Gcn5. Gcn5 is localised to many Gcn5-dependent enes including Gcn5 repressed targets such as FLO8. Gcn5 regulates ivergent sets of KCl responsive genes in S. cerevisiae and S. pombe. enome-wide localization studies showed a tendency for redistribution of cn5 during KCl stress adaptation in S. cerevisiae from short genes to he transcribed regions of long genes. An analogous redistribution was ot observed in S. pombe. onclusions: Gcn5 is required for the regulation of divergent sets of Cl stress-response genes in S. cerevisiae and S. pombe even though it s required a common group of stress responses, including the response o KCl. Genes that are physically associated with Gcn5 require its ctivity for their repression or activation during stress adaptation, roviding support for a role of Gcn5 as a corepressor as well as a oactivator. The tendency of Gcn5 to re-localise to the transcribed egions of long genes during KCl stress adaptation suggests that Gcn5 lays a specific role in the expression of long genes under adaptive onditions, perhaps by regulating transcriptional elongation as has been een for Gcn5 in S. pombe. Interestingly an analogous redistribution of cn5 is not seen in S. pombe. The study thus provides important new nsights in relation to why coregulators like Gcn5 are required for the orrect expression of some genes but not others.

  • 884.
    Xue-Franzen, Yongtao
    et al.
    Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper. Karolinska Institutet.
    Kjaerulff, Soren
    University of Copenhagen, Copenhagen, Denmark.
    Holmberg, Christian
    University of Copenhagen, Copenhagen, Denmark.
    Wright, Anthony
    Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper. Karolinska Institutet.
    Nielsen, Olaf
    University of Copenhagen, Copenhagen, Denmark.
    Genomewide identification of pheromone-targeted transcription in fission yeast2006Ingår i: BMC Genomics, ISSN 1471-2164, E-ISSN 1471-2164, Vol. 7, s. 303-, artikel-id 303Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Background: Fission yeast cells undergo sexual differentiation in response to nitrogen starvation. In this process haploid M and P cells first mate to form diploid zygotes, which then enter meiosis and sporulate. Prior to mating, M and P cells communicate with diffusible mating pheromones that activate a signal transduction pathway in the opposite cell type. The pheromone signalling orchestrates mating and is also required for entry into meiosis. Results: Here we use DNA microarrays to identify genes that are induced by M-factor in P cells and by P-factor in M-cells. The use of a cyr1 genetic background allowed us to study pheromone signalling independently of nitrogen starvation. We identified a total of 163 genes that were consistently induced more than two-fold by pheromone stimulation. Gene disruption experiments demonstrated the involvement of newly discovered pheromone-induced genes in the differentiation process. We have mapped Gene Ontology ( GO) categories specifically associated with pheromone induction. A direct comparison of the M- and P-factor induced expression pattern allowed us to identify cell-type specific transcripts, including three new M- specific genes and one new P-specific gene. Conclusion: We found that the pheromone response was very similar in M and P cells. Surprisingly, pheromone control extended to genes fulfilling their function well beyond the point of entry into meiosis, including numerous genes required for meiotic recombination. Our results suggest that the SteII transcription factor is responsible for the majority of pheromone-induced transcription. Finally, most cell-type specific genes now appear to be identified in fission yeast.

  • 885.
    Yazar, Mine
    Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper.
    Jämställdhet i samråd?2008Självständigt arbete på grundnivå (kandidatexamen), 10 poäng / 15 hpStudentuppsats
    Abstract [sv]

    Miljökonsekvensbeskrivning, MKB, är ett redskap som används i Sverige och 120 andra länder och processen används för att förutse miljöpåverkan som kan komma att inträffa som ett resultat av olika projekt som etableras. I Sverige krävs MKB alltid för särskilda projekt, så som vägprojekt. Processen försöker inkorporera miljöaspekter i projekt och även ge allmänhet och intressenter möjlighet att yttra sig och ställa frågor kring projektet. Detta kallas att hålla samråd vilket ska hållas under hela MKB-processen. I Sverige finns lagar som begär att samråd hålls under processen, men forskning kring jämställdhet och samrådsförfarandet kallad JämSam visar att det är en överrepresentation av äldre män på dessa möten. Denna studie eftersträvar att i internationell MKB-litteratur undersöka om det förs en diskussion kring genus i samrådsprocessen och vad som, i händelse av en sådan, diskuteras.

    Olika teorier rörande genus undersöktes och dessa tydde på att skillnader i genus beror på olik socialisation av kvinnor och män genom livet. Litteratur som rör genus och miljö visade att kvinnor har ett marginellt större interesse för miljöfrågor men att män är de som är mer aktivt deltagande.

    Resultaten av studien var att väldigt lite material påträffades, vilket i sin tur visade att genusdiskussionen inom MKB-litteratur i princip är obefintlig. Majoriteten av artiklarna som hittades nämnde kvinnor eller genus i förbifarten och i samband med andra ämnen. Bara en artikel diskuterade djupare kring ämnet. Vidare studier på området och rörande hur samrådsförfarandet ska bli jämställt behövs för att få igång en debatt på området eftersom den nuvarande situationen inte för diskussionen framåt.

  • 886.
    Yildirim, Håkan H.
    Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper. Karolinska Institutet.
    Structural diversity of the lipid A and core oligosaccharide moieties of the lipopolysaccharides from nontypeable and serotype f Haemophilus influenzae2005Doktorsavhandling, sammanläggning (Övrigt vetenskapligt)
    Abstract [en]

    This thesis describes structural studies of the oligosaccharide and lipid A moieties of lipopolysaccharides (LPSs) isolated from disease-causing Haemophilus influenzae strains. The nontypeable strains were clinical isolates from the middle ear of children suffering from otitis media and the serotype f strains had been collected from three adults with respiratory tract infections. The LPS molecules are situated on the cell wall of H. influenzae strains and they play a very important role in colonization, infection, evasion of host immune system and inflammatory response. Previous studies have implicated the heterogeneous repertoire of LPS structures within a strain and mimicry of human cell wall structures to be involved in the diseasecausing behavior of this organism. Structural analysis of the oligosaccharide moieties with advanced applications of nuclear magnetic resonance (NMR) and various electrospray ionization mass spectrometry (ESI-MS) techniques revealed novel structural features in each of the investigated strains. All of the strains displayed a very complex mixture of LPS structures that differed between and within the pathogens. Moreover, all of the strains had the capacity to express mimics of human glycolipids. The genetic basis for LPS biosynthesis for H. influenzae is established for the strain of which the complete genome has been determined. In this thesis the function of the genes involved in the biosynthesis of LPS was investigated in a nontypeable strain by using the combination of genetic engineering and structural analysis. The synergy of genomics and analytical carbohydrate chemistry led to the identification of novel structural epitopes, and furthermore, enabled us to identify a new function for one of these genes. The most recent structural study of lipid A from H. influenzae was conducted in 1988 on a mutant strain. The results of that study established the presence of only one lipid A structure. in this thesis we investigated lipid A from both nontypeable and serotype wild type strains by performing tandem ESI-MS and the results confirmed earlier findings but also evidenced other lipid A structures previously not associated with H. influenzae. Moreover, all of the strains exhibited a heterogeneous population of lipid A molecules.

  • 887.
    Yildirim, Håkan H.
    et al.
    Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper. Karolinska Institutet.
    Hood, D W
    University of Oxford, John Radcliffe Hostpital, Oxford, UK.
    Moxon, E R
    University of Oxford, John Radcliffe Hostpital, Oxford, UK.
    Schweda, Elke K. H.
    Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper. Karolinska Institutet.
    Structural analysis of lipopolysaccharides from Haemophilus influenzae serotype f - Structural diversity observed in three strains2003Ingår i: European Journal of Biochemistry, ISSN 0014-2956, E-ISSN 1432-1033, Vol. 270, nr 15, s. 3153-3167Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Structural elucidation of the lipopolysaccharide (LPS) from three serotype f Haemophilus influenzae clinical isolates RM6255, RM7290 and RM6252 has been achieved using NMR spectroscopy techniques and ESI-MS on O-deacylated LPS and core oligosaccharide material (OS) as well as ESI-MSn on permethylated dephosphorylated OS. This is the first study to report structural details on LPS from serotype f strains. We found that the LPSs of all strains were highly heterogeneous mixtures of glycoforms expressing the common H. influenzae structural element l-alpha-d-Hepp -(1-->2)-[P Etn-->6]-l-alpha-d-Hepp -(1-->3)-[beta-d-Glcp -(1-->4)]-l-alpha-d-Hepp -(1-->5)-[PP Etn-->4]-alpha-Kdo-(2-->6)-lipid A with variable length of OS chains linked to each of the heptoses. The terminal heptose (HepIII) in RM6255 is substituted at the O-3 position by a beta-d-Glcp residue whereas HepIII in strains RM7290 and RM6252 is substituted at O-2 by the globoside unit (alpha-d-Galp -(1-->4)-beta-d-Galp -(1-->4)-beta-d-Glc) or truncated versions thereof. The central heptose (HepII) is substituted by an alpha-d-Galp -(1-->4)-beta-d-Galp -(1-->4)-beta-d-Glcp -(1-->4)-alpha-d-Glcp unit in RM7290 and RM6252 or truncated versions thereof. Strain RM6255 does not express galactose in its LPS and only shows a cellobiose unit elongating from HepII (beta-d-Glcp -(1-->4)-alpha-d-Glcp ). ESI-MSn on dephosphorylated and permethylated OS provided information on the existence of additional minor isomeric glycoforms.

  • 888.
    Yildirim, Håkan H.
    et al.
    Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper. Karolinska Institutet.
    Li, J J
    National Research Council of Canada, Ottawa, Canada.
    Richards, J C
    National Research Council of Canada, Ottawa, Canada.
    Hood, D W
    John Radcliffe Hospital, Oxford, UK.
    Moxon, E R
    John Radcliffe Hospital, Oxford, UK.
    Schweda, Elke K. H.
    Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper. Karolinska Institutet.
    An alternate pattern for globoside oligosaccharide expression in Haemophilus influenzae lipopolysaccharide: Structural diversity in nontypeable strain 11242005Ingår i: Biochemistry, ISSN 0006-2960, E-ISSN 1520-4995, Vol. 44, nr 13, s. 5207-5224Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Common structural motifs of Haemophilus influenzae lipopolysaccharide (LPS) are globotetraose [beta-D-GalpNAc-(1 -> 3)-alpha-D-Galp-(1 -> 4)-beta-D-Galp-(1 -> 4)-beta-D-Glcp] and its truncated versions globoside [alpha-D-Galp-(1 -> 4)-beta-D-Galp-(1 -> 4)-beta-D-Glcp] and lactose [beta-D-Galp-(1 -> 4)-beta-D-Glcp] linked to the tenninal heptose (HepIII) of the triheptosyl inner-core moiety L-alpha-D-Hepp-(1 -> 2)-[PEA -> 6]-L-alpha-D-Hepp-(1 -> 3)L-alpha-D-Hepp-(1 -> 5)-[PPEA -> 4]-alpha-Kdo-(2 -> 6)-lipid A. We report here structural studies of LPS from nontypeable H. influenzae strain 1124 expressing these motifs linked to both the proximal heptose (HepI) and HepIII at the same time. This novel finding was obtained by structural studies of LPS using NMR techniques and electrospray ionization mass spectrometry (ESI-MS) on O-deacylated LPS and core oligosaccharide material (OS) as well as ESI-MSn on permethylated dephosphorylated OS. The use of defined mutants allowed us to confirm structures unambiguously and understand better the biosynthesis of each of the globotetraose units. We found that lgtC is involved in the expression of beta-D-Galp-(1 -> 4)-beta-D-Galp in both extensions, whereas lic2A directs only the expression Of beta-D-Ga1p-(1 -> 4)-beta-D-Glcp when linked to HepIII. The LPS of NTHi strain 1124 contained sialylated glycoforms that were identified by CE-ESI-MS/MS. A common sialylated structure in H. influenzae LPS is sialyllactose linked to HepIII. This structure exists in strain 1124. However, results for the lpsA mutant indicate that sialyllactose extends from HepI as well, a molecular environment for sialyllactose in H. influenzae that has not been reported previously. In addition, the LPS was found to carry phosphoryleholine, O-linked glycine, and a third PEA group which was linked to O3 of HepIII.

  • 889.
    Yildirim, Håkan H
    et al.
    Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper. Karolinska institutet.
    Li, J J
    National Research Council, Ottawa, Canada.
    Richards, J C
    National Research Council, Ottawa, Canada.
    Hood, D W
    John Radcliffe Hospital, Oxford, UK.
    Moxon, E R
    John Radcliffe Hospital, Oxford, UK.
    Schweda, Elke K H
    Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper. Karolinska Institutet.
    Complex O-acetylation in non-typeable Haemophilus influenzae lipopolysaccharide: evidence for a novel site of O-acetylation2005Ingår i: Carbohydrate Research, ISSN 0008-6215, E-ISSN 1873-426X, Vol. 340, nr 17, s. 2598-2611Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    The structure of the lipopolysaccharide (LPS) of non-typeable Haemophilus influenzae strain 723 has been elucidated using NMR spectroscopy and electrospray ionization mass spectrometry (ESI-MS) on O-deacylated LPS and core oligosaccharide material (OS), as well as ESI-MSn on permethylated dephosphorylated OS. It was found that the LPS contains the common structural element of H. influenzae, L-alpha-D-Hepp-(1 -> 2)-[PEtn -> 6]-L-alpha-D-Hepp-(1 -> 3)-[beta-D-Glcp-(1 -> 4)]-L-alpha-D-Hepp-(1 -> 5)-[PPEtn -> 4]-alpha-Kdo-(2 -> 6)-Lipid A, in which the beta-D-Glcp residue (GlcI) is substituted by phosphocholine at O-6 and the distal heptose residue (HepIII) by PEW at O-3, respectively. In a subpopulation of glycoforms O-2 of HepIII was substituted by beta-D-Galp-(1 -> 4)-beta-D-Glcp-(1 -> or beta-D-Glcp-(1 ->. Considerable heterogeneity of the LPS was due to the extent of substitution by O-acetyl groups (Ac) and ester-linked glycine of the core oligosaccharide. The location for glycine was found to be at Kdo. Prominent acetylation sites were found to be at GlcI, HepIII, and the proximal heptose (HepI) residue of the triheptosyl moiety. Moreover, GlcI was acetylated at O-3 and/or O-4 and HepI was acetylated at O-2 as evidenced by capillary electrophoresis ESI-MS" in combination with NMR analyses. This is the first study to show that an acetyl group can substitute HepI of the inner-core region of H. influenzae LPS.

  • 890.
    Zahn, Pernilla
    Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper.
    Hållbart Gotland: en kvalitativ studie om turismplanering och hållbar utveckling2009Självständigt arbete på grundnivå (kandidatexamen), 10 poäng / 15 hpStudentuppsats (Examensarbete)
    Abstract [sv]

    Avsikten med denna uppsats var att undersöka och ta reda på vad hållbar turismutveckling innebär för Gotland och hur turism mer specifikt påverkar Gotlands arbete med att ernå en långsiktig och hållbar utveckling. Mina frågeställningar blev därför:

    1. Finns det en gemensam definition för hållbar turismutveckling på Gotland, och hur ser den då ut?

    2. Hur ser arbetet med att skapa en hållbar turismutveckling på destination ut mer specifikt?

    3. Är/utgör turismen och Stockholmsveckan ett potentiellt hot mot hållbar utveckling för destinationen i allmänhet?

    4. Om så, är detta något som destinationens aktörer och intressenter har tagit i beaktning och vilka åtgärder finns/görs för att motverka detta?

    För att besvara dessa frågor har jag genomfört en kvalitativ fallstudie innehållande intervjuer och granskning av diverse litteratur inom ämnet. Informationen har sedan analyserats utifrån mina valda teoretiska utgångspunkter vilka bland annat behandlar hållbar turismutveckling med utgångspunkt ur ekonomisk, ekologisk och sociokulturell hållbarhet, såväl allmänt som specifikt för Gotland. Jag har bland annat kommit fram till att Gotland idag har en relativt god syn på vad det innebär att arbeta mot en hållbar turismutveckling, vilken även kan ses i deras utvecklingsprogram, arbeten och satsningar inom regionen. Dock är det viktigt att poängtera att Gotlands arbete mot en hållbar turismutveckling befinner sig i ett tidigt stadium varför vissa brister förekommer. Exempelvis ter sig somliga handlingar i praktiken inte lika självklara, eller på ett sådant sätt, som teorin förespråkar.

  • 891.
    Zhu, Xuefeng
    et al.
    Karolinska Institutet.
    Wirén, Marianna
    Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper. Karolinska Institutet.
    Sinha, Indranil
    Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper. Karolinska Institutet.
    Rasmussen, Nina N
    Institute of Molecular Biology, Copenhagen, Denmark.
    Linder, Tomas
    Karolinska Institutet.
    Holmberg, Steen
    Institute of Molecular Biology, Copenhagen, Denmark.
    Ekwall, Karl
    Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper. Karolinska Institutet.
    Gustafsson, Claes M
    Karolinska Institutet.
    Genome-wide occupancy profile of mediator and the Srb8-11 module reveals interactions with coding regions2006Ingår i: Molecular Cell, ISSN 1097-2765, E-ISSN 1097-4164, Vol. 22, nr 2, s. 169-178Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Mediator exists in a free form containing the Med12, Med13, CDK8, and CycC subunits (the Srb8-11 module) and a smaller form, which lacks these four subunits and associates with RNA polymerase II (Pol II), forming a holoenzyme. We use chromatin immunoprecipitation (ChIP) and DNA microarrays to investigate genome-wide localization of Mediator and the Srb8-11 module in fission yeast. Mediator and the Srb8-11 module display similar binding patterns, and interactions with promoters and upstream activating sequences correlate with increased transcription activity. Unexpectedly, Mediator also interacts with the downstream coding region of many genes. These interactions display a negative bias for positions closer to the 5' ends of open reading frames (ORFs) and appear functionally important, because downregulation of transcription in a temperature-sensitive med17 mutant strain correlates with increased Mediator occupancy in the coding region. We propose that Mediator coordinates transcription initiation with transcriptional events in the coding region of eukaryotic genes.

  • 892. Zillén, Lovisa
    et al.
    Conley, Daniel J.
    Andrén, Thomas
    Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper.
    Andrén, Elinor
    Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper.
    Björck, Svante
    Past occurrences of hypoxia in the Baltic Sea and the role of climate variability, environmental change and human impact2008Ingår i: Earth-Science Reviews, ISSN 0012-8252, E-ISSN 1872-6828, Vol. 91, s. 77-92Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    The hypoxic zone in the Baltic Sea has increased in area about four times since 1960 and widespread oxygen deficiency has severely reduced macro benthic communities below the halocline in the Baltic Proper and the Gulf of Finland, which in turn has affected food chain dynamics, fish habitats and fisheries in the entire Baltic Sea. The cause of increased hypoxia is believed to be enhanced eutrophication through increased anthropogenic input of nutrients, such as nitrogen and phosphorus. However, the spatial variability of hypoxia on long time-scales is poorly known: and so are the driving mechanisms. We review the occurrence of hypoxia in modern time (last c. 50ᅵyears), modern historical time (AD 1950-1800) and during the more distant past (the last c. 10ᅵ000ᅵyears) and explore the role of climate variability, environmental change and human impact. We present a compilation of proxy records of hypoxia (laminated sediments) based on long sediment cores from the Baltic Sea. The cumulated results show that the deeper depressions of the Baltic Sea have experienced intermittent hypoxia during most of the Holocene and that regular laminations started to form c. 8500-7800ᅵcal. yr BP ago, in association with the formation of a permanent halocline at the transition between the Early Littorina Sea and the Littorina Sea s. str. Laminated sediments were deposited during three main periods (i.e. between c. 8000-4000, 2000-800ᅵcal. yr BP and subsequent to AD 1800) which overlap the Holocene Thermal Maximum (c. 9000-5000ᅵcal. yr BP), the Medieval Warm Period (c. AD 750-1200) and the modern historical period (AD 1800 to present) and coincide with intervals of high surface salinity (at least during the Littorina s. str.) and high total organic carbon content. This study implies that there may be a correlation between climate variability in the past and the state of the marine environment, where milder and dryer periods with less freshwater run-off correspond to increased salinities and higher accumulation of organic carbon resulting in amplified hypoxia and enlarged distribution of laminated sediments. We suggest that hydrology changes in the drainage area on long time-scales have, as well as the inflow of saltier North Sea waters, controlled the deep oxic conditions in the Baltic Sea and that such changes have followed the general Holocene climate development in Northwest Europe. Increased hypoxia during the Medieval Warm Period also correlates with large-scale changes in land use that occurred in much of the Baltic Sea watershed during the early-medieval expansion. We suggest that hypoxia during this period in the Baltic Sea was not only caused by climate, but increased human impact was most likely an additional trigger. Large areas of the Baltic Sea have experienced intermittent hypoxic from at least AD 1900 with laminated sediments present in the Gotland Basin in the Baltic Proper since then and up to present time. This period coincides with the industrial revolution in Northwestern Europe which started around AD 1850, when population grew, cutting of drainage ditches intensified, and agricultural and forest industry expanded extensively.

  • 893.
    Zvar Hurtig, Robert
    Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper.
    Food Habit Transitions in the Urban Areas of Low-Income Countries: A study on how globalization and urbanization influence food habits among primary pupils in Babati town, Tanzania2009Självständigt arbete på grundnivå (kandidatexamen), 10 poäng / 15 hpStudentuppsats (Examensarbete)
  • 894.
    Ånstrand, Melker
    Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper.
    Community-based tourism and socio-culture aspects relating to tourism: A Case Study of a Swedish student excursion to Babati (Tanzania)2006Självständigt arbete på grundnivå (kandidatexamen), 10 poäng / 15 hpStudentuppsats
    Abstract [en]

    This report is the result of the course, Environment and Development in the South, at University of Södertörn in Stockholm, Sweden. The report is about “new tourism” especially community-based tourism (CBT) and socio-cultural aspects relating to tourism. It is based on a literature study and a three weeks field course in Babati district in Northern Tanzania. The aim of this study is to describe how host peoples (communities) get affected especially, socio-culturally, by tourism. The aim is also to describe new tourism (especially CBT). A case-study of a Swedish student excursion to Babati is used as an example of how it affects a community (especially socio-cultural aspects) and if it qualifies as CBT.

    The theory of the study is based on sustainable development (especially socio-cultural aspects) supported by the rules of World Tourism Organization (WTO) and United Nation Environmental Program (UNEP). The theory is connected to the principles of CBT and used in the analysis to judge if the Swedish student excursion qualifies as CBT.

    The results show that the Swedish student excursion is in line with important principles of CBT, and therefore also in line with sustainable local development in some way. The major advantage with the excursion is the cross-cultural learning and the major problem is jealousness of benefit sharing according to the interviews done.

  • 895.
    Ånstrand, Melker
    Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper.
    Externhandel och mellankommunalt/regionalt samarbete utifrån ett hållbarhetsperspektiv med fokus på delregionen Södertörn2008Självständigt arbete på avancerad nivå (magisterexamen), 20 poäng / 30 hpStudentuppsats
    Abstract [en]

    In Sweden according to the planning and building Act municipalities have planning monopoly. The question about shopping centres in the outskirts of cities is a regional issue, because they attract customers from a large area. Municipalities often find it hard to assert themselves against large commercial companies when it comes to their establishing new retail outlets on the outskirts of cities. Without a regional co-operation there is a risk that municipalities can be played up against one another, so that more and more companies are given permits without the municipalities having taken the strategic consideration necessary for a long term sustainable development. The focus in this work is on four municipalities in the Södertörn region (Södertälje, Botkyrka, Huddinge and Nynäshamn). Today there are some out-of-town retail outlets in the first three municipalities. The main aim of this thesis is to explain why there is no co-operation between municipalities in Södertörn concerning out-of-town retailing. The aim is also to connect sustainable city development with the problems of out-of-town retails as well as the municipalities commercial policy. The study uses a hermeneutic approach and a qualitative method with one case-study. The interviews are partly based on standard procedures.

    Out-of-town retail outlets entail private car use and this is a problem from a city development perspective. To reach a sustainable city development it is important to expand transport options such as walking, biking and public transport. The project Sustainable Travel (Hållbart resande) at Södertörn supports this development. Some of the municipalities in Södertörn are trying to revitalise their local centres and this is positive from a social and ecological perspective. The four municipalities however do not co-operate concerning out-of-town retailing, and this reverts the issue back to a lack of regional planning, and their competing for purchasing power.

  • 896. Åqvist Almlöv, Maria
    et al.
    Hammer, Monica
    Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper.
    Changing Use Patterns, Changing Feedback Links: implications for Reorganization of Coastal Fisheries Management in the Stockholm Archipelago, Sweden2006Ingår i: Ecology & society, ISSN 1708-3087, E-ISSN 1708-3087, Vol. 11, nr 2, s. -24Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Property rights are important institutions for regulating the use of valuable natural resources from coastal ecosystems. In this case study, we identify and analyze property rights and user patterns related to small-scale coastal fisheries in the Stockholm Archipelago, Sweden. User patterns and user groups have changed significantly over the last century, as commercial fishing has been increasingly replaced by recreational activities. Interviews with local resource users and owners of water properties in two different areas, Möja and Ornö parishes within the Stockholm Archipelago, revealed a very diverse pattern of property and user rights, with a large number of water and fishing rights owners. Recreational fisheries, including both sport and household fishing, seem to predominate in both areas, but ownership differs. In Möja, most waters are collectively owned, whereas in Ornö, individual ownership predominates. Very few examples of local influence on fisheries management were found in either area, although the social structure for joint management does exist in Möja. Instead, larger-scale institutions at the regional, national, or international level regulate fisheries, often not addressing local conditions and fish populations. The ongoing shift in resource use has created a heterogeneous user group, and the limitations of centralized management authorities in dealing with the diversity in the coastal ecosystem have created mismatches within the social–ecological system. Combined with a large-scale decline in coastal fish stocks, these mismatches challenge the existing local property rights arrangements as well as the more centralized regulatory management structure. A key issue for fisheries management is how to develop and stimulate appropriate distribution of management functions at different geographical scales and organizational levels. The complexity and diversity in archipelago fisheries call for multilevel arrangements and cross-scale coordination, and initiatives have been taken by both central governmental authorities and local user groups to collaborate concerning habitat restoration and protection of important spawning grounds.

  • 897.
    Åslund, Sandra
    Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper.
    HIV Prevention in Babati, Tanzania: Another Imperialistic Project in a Lost Continent2006Självständigt arbete på grundnivå (kandidatexamen), 10 poäng / 15 hpStudentuppsats
    Abstract [en]

    This thesis is an analysis of how international policies on HIV prevention can be understood through a postcolonial perspective and how these prevention strategies are reflected nationally and locally in Babati, Tanzania. To gain knowledge of these aims I have focused on UNAIDS and the US’ government policies to get an idea of where the international discourse about HIV prevention stands. My empirical data in Babati is collected by semi-structural interviews with people who work with HIV prevention. I have used Chandra Talpade Mohanty’s understanding of Third World women, together with Jenny Kitzinger theory about women in HIV discourses and Karen M Booth’s view of how international policies are trying to empower women to reduce their risk of HIV infection. To assist my analysis I have focused on three notions, which are recurring in the HIV prevention discourse, these are: empowerment of women, condom use and sexual behaviour. These notions help to establish the HIV discourse and later I have compared the results with my theoretical framework and empirical findings. My final conclusion is that international policies on HIV prevention can be seen as imperialistic as they are promoting a certain change in sexual behaviour, such as reduction of partners and abstinence until marriage.

  • 898.
    Åström, Petter
    Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper.
    Cash crops vs food crops: A case study of household's crop choices in Babati District2009Självständigt arbete på grundnivå (kandidatexamen), 10 poäng / 15 hpStudentuppsats (Examensarbete)
    Abstract [en]

    According to earlier research farmer's crop orientation in developing countries mainly depends on farm size, large-scale farmers prefer cash crop while small-scale farmers prefer subsistence crops. The first aim of this study is to see if this hypothesis can be applied on six households in Babati District in rural Tanzania. The second aim is to investigate if other factors than farm size affect crop portfolio choice and the final aim is to see if those crop portfolio models can be improved. A case-study research design and qualitative interviews are used. The primary data is based on a fieldwork that took place from the 18th of February until the 7th of March 2009 in the study area.

    From a theoretical perspective the underlying assumptions of the Marcel Fafchamp's model Crop portfolio choice under multivariate risks is discussed in connection to the result of the study.

    Interviews were made with six households of different farm size. The result of the study indicates that both small-scale and large-scale farmers are using cash crops. The fact that all crops can be used for selling, gives also small-scale farmers in season with higher prices, an opportunity to sell a large share of their crops. It's thereby not possible to state that large-scale farmers devote a larger share of their land for cash crop than small-scale farmers do.

     

  • 899.
    Öberg, Martina
    Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper.
    Dricksvatten som handelsvara med Sverige som exportör?2006Självständigt arbete på grundnivå (kandidatexamen), 10 poäng / 15 hpStudentuppsats
    Abstract [sv]

    Sammanfattning

    De dricksvattenresurser som finns i dag globalt sett är ojämnt fördelade över såväl kontinent

    som mindre geografiska enheter. Det beror både på vattnets kretslopp och på andra faktorer

    som mänskligt räckhåll och teknisk räckvidd. Det mänskliga räckhållet symboliseras av lagar,

    ägande, attityder och ekonomi i denna uppsats och tekniken framstår som en pådrivande

    faktor för utveckling vad gäller rening och transport av dricksvatten. Uppsatsen diskuterar

    även hållbarhet som begrepp och hur det kan relateras till dricksvatten, samt andra

    angreppssätt av dricksvatten som dels en livsviktig resurs, dels en handelsvara.

    Syftet med uppsatsen är att kartlägga Sveriges möjligheter att exportera dricksvatten till andra

    länder utifrån följande frågeställningar:

    1. Kan man äga vatten?

    2. Vad innebär hållbarhet i relation till dricksvatten? Och är vattenexport en hållbar

    lösning på dricksvattenproblem?

    3. Hur ser Sveriges möjligheter ut att exportera vatten till andra länder och var skulle ett

    sådant uttag ske?

    För att få svar på detta har Sveriges sötvattenstillgångar till stor del kartlagts och vad som

    gäller kring dessa beträffande ägande, lagar, regler och uttag. För att ge en bild av hur

    Sveriges tillgångar av dricksvatten ser ut består undersökningen dels i sekundär och primär

    data. Primärdata har bestått av intervjuer med sju respondenter som på olika sätt anses som

    insatta i ämnet. Intervjufrågorna har berört ägande av vatten, prissättning, lagar och teknik,

    men även mer direkta frågor om Sveriges möjligheter att exportera dricksvatten och vad det

    skulle kunna ge för olika för och nackdelar.

    Sekundärdata består i framförallt rapporter från Naturvårdsverket, som beskriver Sveriges

    ytvatten tillgångar och SGUs rapport om Sveriges grundvatten. Dessa har legat som underlag

    för att kartlägga uttag som sker och vilken typ av påverkan på sötvattnet som sker och var.

    I slutdiskussionen sammanfattas fakta och teori med författarens egna reflektioner.

    Slutresultatet blev att man inte kan äga vatten, men man kan nyttja det på olika sätt med vissa

    begräsningar. Hållbarhet visade sig vara ett osäkert begrepp i förhållande till dricksvatten

    eftersom att förenligheten mellan ekonomi, sociala aspekter och miljö ofta brister i samband

    med dricksvatten. Dricksvatten innehåller därför ett stort mått av osäkerhet. På grund av detta

    ansåg majoriteten av respondenterna att dricksvattenexport är en ganska kortsiktig lösning

    som inte är hållbar i längden, även om det fanns röster som såg dricksvatten som något

    positivt. Om Sverige kan exportera dricksvatten till andra länder är fortfarande oklart då

    intervjupersonernas svar skiljer sig från varandra, dessutom är ägandet av en vara en

    förutsättning för att kunna exportera den, och i Sverige äger ingen vattnet, enligt de flesta

    respondenterna.

    Sveriges styrka vid en export är enligt majoriteten av respondenterna våra goda resurser av

    sötvatten, även om några såg brister även här. Svagheten är enligt majoriteten avståndet

    mellan Sverige och marknaden, vilket i sin tur främst ha visat sig vara fysiskt avstånd, men

    även emotionell avstånd i form av förbindelser och säkerhetsfrågor. Om Sverige skulle

    exportera dricksvatten är enligt undersökningen det bästa alternativet de nordligaste delarna

    av landet. Dels på grund av att tillgången enligt intervjupersonerna är som störst här, och dels

    för att rapporter från Naturvårdsverket och SGU visar att uttag, mänsklig påverkan och

    befolkningsökningen förväntas vara som lägst här.

  • 900.
    Österlund, Ida
    Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper.
    Samhällsnyttan av vattenverksamheter: Hur tillämpas samhällsnyttokravet i 11 kap. 6 § miljöbalken vid tillståndsprövning av vattenverksamheter?2010Självständigt arbete på grundnivå (kandidatexamen), 10 poäng / 15 hpStudentuppsats (Examensarbete)
    Abstract [sv]

    Denna uppsats handlar om hur den särskilda tillåtlighetsregeln i 11 kap. 6 § miljöbalken tillämpas vid tillståndsprövning av vattenverksamheter. Av paragrafen följer att en vattenverksamhet endast får bedrivas om den samlade nyttan av verksamheten överväger de kostnader samt skador och olägenheter som verksamheten medför. Syftet med paragrafen är att hindra vattenverksamheter som inte är samhällsekonomiskt motiverade samt utgöra ett extra skydd för miljön utöver miljöbalkens generella miljökrav.

    Syftet med studien är undersöka hur denna paragraf tillämpas i praktiken – både i rättspraxis och i ansökningsförfarandet. Studien bygger i första hand på rättsvetenskaplig metod men ger även en mer allmän introduktion till samhällsekonomiska analysmetoder. Studien visar att det är mycket svårt att finna vägledning i praxis för hur en bedömning av samhällsnyttan bör gå till. Praxis visar dock att även faktorer som verksamhetens överensstämmelse med olika miljökvalitetsmål, art- och områdesskydd och estetiska värden kan få betydelse vid samhällsnyttobedömningen. Från sökandenas sida riktas generellt ett för stort fokus mot den privata eller företagsekonomiska nyttan av verksamheten. Sammantaget medför detta en risk för att miljövärden inte värderas på ett korrekt sätt när de vägs mot en mer konkret uttryckt monetär nytta. Ett bredare perspektiv på bedömningen bör därför antas. Vidare diskuteras även hur tillämpningen av bestämmelsen skulle kunna förbättras mot bakgrund av olika värderingsmetoder.

1516171819 851 - 900 av 901
RefereraExporteraLänk till träfflistan
Permanent länk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • harvard-anglia-ruskin-university
  • apa-old-doi-prefix.csl
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf