sh.sePublikationer
Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • harvard-anglia-ruskin-university
  • apa-old-doi-prefix.csl
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Bacterial chitinase with phytopathogen control capacity from suppressive soil revealed by functional metagenomics
Södertörns högskola, Institutionen för naturvetenskap, miljö och teknik, Biologi. Uppsala University. (Sara Sjöling)
University of Insubria, Varese, Italy. (Sara Sjöling)
Södertörns högskola, Institutionen för naturvetenskap, miljö och teknik, Biologi. (Sara Sjöling)
University of Insubria, Varese, Italy.
Visa övriga samt affilieringar
2014 (Engelska)Ingår i: Applied Microbiology and Biotechnology, ISSN 0175-7598, E-ISSN 1432-0614, Vol. 98, nr 6, s. 2819-2828Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
Abstract [en]

Plant disease caused by fungal pathogens results in vast crop damage globally. Microbial communities of soil that is suppressive to fungal crop disease provide a source for the identification of novel enzymes functioning as bioshields against plant pathogens. In this study, we targeted chitin-degrading enzymes of the uncultured bacterial community through a functional metagenomics approach, using a fosmid library of a suppressive soil metagenome. We identified a novel bacterial chitinase, Chi18H8, with antifungal activity against several important crop pathogens. Sequence analyses show that the chi18H8 gene encodes a 425-amino acid protein of 46 kDa with an N-terminal signal peptide, a catalytic domain with the conserved active site F175DGIDIDWE183, and a chitinase insertion domain. Chi18H8 was expressed (pGEX-6P-3 vector) in Escherichia coli and purified. Enzyme characterization shows that Chi18H8 has a prevalent chitobiosidase activity with a maximum activity at 35 °C at pH lower than 6, suggesting a role as exochitinase on native chitin. To our knowledge, Chi18H8 is the first chitinase isolated from a metagenome library obtained in pure form and which has the potential to be used as a candidate agent for controlling fungal crop diseases. Furthermore, Chi18H8 may also answer to the demand for novel chitin-degrading enzymes for a broad range of other industrial processes and medical purposes.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
2014. Vol. 98, nr 6, s. 2819-2828
Nyckelord [en]
metagenomic library, chitinase, terminal restriction fragment length polymorphism (T-RFLP), Streptomycetes, suppressive soil
Nationell ämneskategori
Mikrobiologi Miljövetenskap
Forskningsämne
Östersjö- och Östeuropaforskning; Miljövetenskapliga studier
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:sh:diva-20023DOI: 10.1007/s00253-013-5287-xISI: 000332108100041PubMedID: 24121932Scopus ID: 2-s2.0-84905997072Lokalt ID: 47/42/2011OAI: oai:DiVA.org:sh-20023DiVA, id: diva2:659271
Projekt
Metaexplore - metagenomics for bioexploration
Forskningsfinansiär
EU, FP7, Sjunde ramprogrammet, KBBE-222625Östersjöstiftelsen
Anmärkning

Electronic supplementary material

Tillgänglig från: 2013-10-24 Skapad: 2013-10-24 Senast uppdaterad: 2019-03-04Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

Hjort et al 2013(848 kB)486 nedladdningar
Filinformation
Filnamn FULLTEXT01.pdfFilstorlek 848 kBChecksumma SHA-512
cb2e60e1e6755420ce32c624a113642a07ac84feb3b148d0417d3416c8e0091394284bea4cafcf73d8295d82006282051f4b5138d49c7e18833944c11865a7c1
Typ fulltextMimetyp application/pdf

Övriga länkar

Förlagets fulltextPubMedScopusPMC Full text

Personposter BETA

Hjort, KarinElväng, AnnelieSjöling, Sara

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Hjort, KarinElväng, AnnelieSjöling, Sara
Av organisationen
Biologi
I samma tidskrift
Applied Microbiology and Biotechnology
MikrobiologiMiljövetenskap

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar
Totalt: 486 nedladdningar
Antalet nedladdningar är summan av nedladdningar för alla fulltexter. Det kan inkludera t.ex tidigare versioner som nu inte längre är tillgängliga.

doi
pubmed
urn-nbn

Altmetricpoäng

doi
pubmed
urn-nbn
Totalt: 441 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • harvard-anglia-ruskin-university
  • apa-old-doi-prefix.csl
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf